Berakhirnya perang Semarang-Diponegoro jelas tidak membantu kondisi di wilayah Yogyakarta dan sekitarnya. Wilayah kekuasaan keraton Yogyakarta dan Surakarta justru semakin sempit dan semakin bergantung pada pemerintah Hindia Belanda.
Wilayah yang dahulu dikuasai Yogyakarta dan Surakarta yang menjadi bagian Mataram kini semakin terbatas. Kedua negara ini kehilangan kendali atas wilayah seberang laut sehingga wilayahnya hanya sebatas wilayah Pajang, Mataram, Sukovati, dan Gunung Kidul.
Dalam segala urusan pemerintahan baik sultan maupun sultan tidak bisa lagi bertindak sendiri, melainkan harus mendapat izin dari pemerintah Hindia Belanda. Penghasilan mereka tidak lagi berasal dari pemungutan pajak, melainkan dibayarkan oleh pemerintah Hindia Belanda yang besarnya ditentukan berdasarkan perjanjian.
Dikutip dari Sejarah Nasional Indonesia IV: Munculnya Penjajahan di Indonesia, pendapatan para bangsawan dan pejabat Kesultanan lainnya juga dikuasai oleh pemerintah Hindia Belanda. Situasinya tidak menentu karena banyak bangsawan yang tidak terpengaruh.
Situasi di Yogyakarta baru tenang setelah Pangeran Mangkudiningrat dan Pangeran Prabuningrat ditangkap dan diasingkan pada tahun 1831, karena kedua pangeran ini diduga berusaha melawan pemerintah Hindia Belanda.
Di Surakarta, Sunan Paku Buwono IV diam-diam meninggalkan keraton pada bulan Juni 1830, namun segera dikejar dan ditangkap di Mansingan. Maka Sunan diasingkan ke Ambon oleh pemerintah Hindia Belanda. Pangeran Purbayo yang bergelar Sunan Paku Buwono VII diangkat menggantikannya.
Selain itu, untuk mempertegas batas wilayah Yogyakarta, dibuatlah perjanjian dengan Belanda pada tanggal 27 September 1830 yang menetapkan bahwa Sunan Surakarta akan menguasai Palang dan Sukowati, sedangkan Sultan Yogyakarta akan menguasai Mataram dan Gunung Kidul.
